بعد از قهرمانی استقلال در لیگ بیست و یکم کام ملی‌پوشان این باشگاه به‌دلیل حذف از اردوی تیم ملی به‌شدت تلخ شد. 

بازیکنان ملی‌پوش استقلال که تصور نمی‌کردند به‌دلیل حضور در ترکیب استقلال این‌گونه مورد شماتت اسکوچیچ قرار بگیرند، با تصمیمی عجیب و غیرمنتظره از سوی سرمربی تیم ملی مواجه شدند و حتی اجازه حضور در هتل محل اقامت تیم ملی را نیافتند. در این میان صالح حردانی که در اردوی تیم ملی حاضر بود نیز از اردو اخراج شد تا مشخص شود سرمربی تیم ملی از حضور بازیکنان استقلال در بازی با نفت مسجدسلیمان به‌شدت دلخور است و هرگز توقع نداشته فرهاد مجیدی از این بازیکنان در بازی آخر لیگ استفاده کند. 

این تصمیم در حالی اتخاذ شد که پیش از بازی با نفت مسجدسلیمان مربیان استقلال اعلام کردند هیچ مشکلی از بابت حضور ملی‌پوشان در جشن قهرمانی آبی‌ها وجود ندارد. صالح مصطفوی، مربی استقلال در نشست خبری قبل از بازی به این موضوع اشاره کرد و تصور می‌شد فرهاد مجیدی و اسکوچیچ بر سر حضور یا عدم حضور ملی‌پوشان در بازی پایانی با هم به توافق رسیده‌اند اما حذف ملی‌پوشان استقلال بعد از بازی مقابل نفت مسجدسلیمان نشان داد میان باشگاه استقلال و سرمربی تیم ملی هیچ تعاملی برقرار نشده است و تمام اخباری که در این خصوص منتشر شد، منبعی نداشته است. در عین حال اما مسئولان باشگاه استقلال واکنش‌های تندی نسبت به این ماجرا نشان دادند. سعید فتاحی، معاون باشگاه استقلال درباره حذف ملی‌پوشان استقلال این جملات را به زبان آورده است: «آقای استیلی بهتر است به جای خط زدن بازیکنان ما طوری برنامه‌ریزی کنید که در زمان پیش از شروع مسابقات جام جهانی، تیم ملی بازی تدارکاتی داشته باشد نه اینکه فیفا دی‌ها را براحتی از دست بدهیم. آیا برای حضور در هتل، بازیکنان ما را خط می‌زنند؟ مگر بازی داشتند یا اردویی برگزار شده؟

 این بازی توسط سازمان لیگ اعلام شده و این بی‌برنامگی از فدراسیون فوتبال است. مگر همه بازیکنان دعوت شده دیروز در اردو حاضر بودند؟ چرا می‌خواهید حق بازیکنان استقلال را ضایع کنید؟ تیم ملی معلوم نیست چه زمانی بازی تدارکاتی خواهد داشت. معلوم نیست اردوی این تیم چه زمانی برگزار می‌شود. معلوم نیست این اردو در ایران است یا قطر. برای توجیه بی‌برنامگی خودتان حق بازیکنان و باشگاه استقلال را ضایع نکنید.»

این اظهارات در حالی از سوی فتاحی مطرح شده که حمید استیلی نیز واکنش جالبی به این ماجرا نشان داده است. سرپرست تیم ملی مدعی است هیچ هماهنگی میان باشگاه استقلال و اسکوچیچ انجام نشده است. 

استیلی می‌گوید: «با آقای اسکوچیچ در این باره صحبت کردم که ایشان تأکید کرد هیچ توافقی با باشگاه استقلال برای حضور ملی‌پوشان در بازی پایانی نداشته است.» به هر حال این بی‌برنامگی چه از سوی سازمان لیگ بود یا فدراسیون فوتبال یا حتی مسئولان باشگاه استقلال درنهایت به ضرر بازیکنان تیم ملی این باشگاه تمام شد و هیچ تضمینی وجود ندارد اسکوچیچ که حالا 5 بازیکن را به جای بازیکنان استقلال به تیم ملی دعوت کرده، در اردوهای آتی نیز از این بازیکنان استفاده کند. مسئولان فدراسیون فوتبال این موضوع را تأیید کرده‌اند و هیچ تضمینی بابت حضور ملی‌پوشان در اردوهای بعد نداده‌اند.