باشگاه استقلال در کمیته انضباطی فدراسیون فوتبال درگیر پرونده‌هایی است که از سوی مسئولان این کمیته در حال بررسی است. یکی از پرونده‌ها مربوط به بازیکنی به ‌نام فرهاد زاوشی است. در همین راستا باشگاه استقلال به‌ دلیل مطالبه غرامت آموزشی فرهاد زاوشی از باشگاه هوادار تهران شکایت کرد که با توجه به عدم انعقاد قرارداد باشگاه هوادار با زاوشی، این شکایت از سوی کمیته وضعیت بازیکنان قابل رسیدگی نبوده و مردود اعلام شد. در یکی دیگر از پرونده‌ها کمیته وضعیت بازیکنان شکایت باشگاه استقلال تهران از باشگاه شهرخودرو بابت درخواست غرامت آموزش عرشیا بابایی را به‌دلیل عدم رابطه قراردادی فی‌مابین نامبرده و باشگاه شهرخودرو غیر قابل رسیدگی و مردود اعلام کرده است. یکی دیگر از پرونده‌هایی که باشگاه استقلال درگیر آن بود به شکایت باشگاه سایپا بابت حق آموزش امیرحسین حسین‌زاده مربوط می‌شود که کمیته تعیین وضعیت برای این شکایت قرار دعوی صادر کرده و در روزهای آتی به این موضوع رسیدگی و حکم نهایی صادر خواهد شد. احتمال دارد باشگاه استقلال ناچار به پرداخت مبلغی برای حق رشد بازیکن سابق سایپا شود. پیش از این نیز باشگاه استقلال با چنین مواردی درگیر بود و جای نگرانی وجود ندارد.