مرتضی فنونی‌زاده در مصاحبه‌ای درباره حاشیه‌های اخیری که برایش ایجاد شده گفت: «مقصر اصلی این ماجرا و حواشی تا حدود زیادی مهدی برادر خودم است که گویا با انتشار پستی در خصوص عیسی آل‌کثیر حاشیه‌ساز شد. برخی از هواداران پرسپولیس نیز متأسفانه عکس‌العمل نشان دادند و چند روز است که انواع و اقسام توهین‌ها را به من و خانواده من می‌کنند.
من به خوبی می‌دانم تمامی این بی‌احترامی‌ها کار افرادی است که سن زیادی ندارند و فکر می‌کنند با این کارها می‌توانند خود را خالی کنند. من سال‌ها برای این تیم زحمت کشیده‌ام. 9 سال برای این تیم بازی کردم، 10 سال مربی پایه‌های این تیم بودم و پرسپولیس خانه من است و بخشی از خانواده من است. مگر می‌شود کسی به خانواده خود دشنام بدهد.
شاید باورتان نشود بدترین روز زندگی من روزی بود که پرسپولیس در فینال با همه تلاشی که داشت شکست خورد و دستش از جام دور ماند.»
او درباره فایل صوتی‌اش هم توضیح داد: «این یکسری شیطنت‌ها است که برخی برای ایجاد اختلاف انجام می‌دهند. شما می‌دانید امروز انواع و اقسام وسیله‌ها وجود دارد که می‌توان صدا، فیلم و تصویر را دستکاری کرد و تغییر داد.
خیلی‌ها حتی هنرمندهایی هستند که می‌توانند صدای افراد را تقلید کنند برای من نیز همین اتفاق رخ داده است.»
وی درباره فحاشی‌ها هم گفت: «هر کسی که به من فحاشی می‌کند و به همسر و مادر من توهین می‌کند را هرگز نمی‌بخشم. حالا اگر برادر من اشتباه کرده است و حرفی زده مگر خانواده من باید تاوان بدهد؟ من بارها با برادر خود صحبت کردم. برخی از افراد در کنار برادر من هستند و او را تحریک می‌کنند و من فکر می‌کنم صفحه شخصی برادر من در دست همین افراد است که از اسم برادر من سوءاستفاده می‌کنند.»
فنونی‌زاده درباره احتمال شکایت پرسپولیس از او هم گفت: «تا حالا یک بار برای یک تخلف یا اشتباه پای من به کلانتری باز نشده است. اگرهم رفتم یک بار رفتم هوادار پرسپولیس را از کلانتری در بیاورم همین.
اگر دوست دارند شکایت کنند مختار هستند. به خاطر پرسپولیس به ما توهین کردند زندان هم روی آن اضافه شود مشکلی ندارد.»